Nos primeiros anos do futebol no clube, o Vasco usou como estádio o campo do Andaraí, que depois se tornou campo do América, que numa permuta cedeu o terreno para construção do Shopping Iguatemi. Desde a ida para a primeira divisão, em 1923, a diretoria vascaína já traçava planos para a construção de um estádio próprio. Contudo, a idéia só foi levada mesmo a cabo após a criação da AMEA.

Um dos motivos argumentados para a não inclusão do Vasco na nova liga era a falta de um estádio próprio. Por este motivo, foi-se então dado o pontapé para a construção de São Januário. Começava ali uma campanha intensa de arrecadação de verbas.

Em pouco tempo foram arrecadados Cr$ 690.895,00, o suficiente para a compra de uma grande área em São Cristóvão, de 65.445m². Feito isso, foram arrecados mais aproximadamente Cr$ 2.000,000, que puderam construir o estádio.

A Pedra Fundamental foi dada em 6 de junho de 1926, quando da assinatura do prefeito do Distrito Federal, Alor Prata. Para a construção foi chamada a firma dinamarquesa Cristiani & Severo. Ricardo Severo foi nomeado o arquiteto responsável pelo projeto do estádio.

Durante a construção, um problema: o presidente da época, Washington Luís se negou a autorizar a importação de cimento belga - já utilizado no Jockey Club. Sem aquele tipo de cimento, necessário para uma obra daquele porte, foi-se usada uma solução criativa e útil: uma mistura de cimento, areia e pedra britada. Estima-se que pelo menos 6.000 barris de cimento e 252 toneladas de ferro foram usadas na obra.

Dez meses depois, o Estádio era inaugurado, com a presença de Washington Luís para se tornar o maior estádio do mundo novo. Até 1930, quando da inauguração do Estádio Centenário em Montevidéu (para a primeira Copa do Mundo) era o maior das Américas. Até 1940, quando da inauguração do Pacaembu, o estádio era o maior do Brasil, e até 1950, na inauguração do Maracanã, era o maior do Rio de Janeiro. Após mais de 80 anos desde sua inauguração, este templo do futebol continua sendo o maior estádio particular da cidade.

No jogo inaugural, uma partida contra o Santos, potência paulista da época. O gol inaugural do estádio foi feito pelo santista Evangelhista, aos 14 minutos do primeiro tempo. O primeiro gol vascaíno foi marcado pelo jogador Galego.

Antes do jogo houve várias solenidades, culminando com o corte de uma fita simbólica pelo aviador portugues Sarmento de Beires, realizador da travessia Lisboa-Rio comandando o avião Argos.

Em março de 1928 foram inaugurados os refletores e a arquibancada atrás de um dos gols. O jogo foi contra o time uruguaio Wanderers. O Vasco venceu por 1 a 0, com um gol do ponta-esquerda Santana, em um chute direto do escanteio. Nesse momento que surgiu o gol olímpico, que recebeu esse nome em alusão ao fato de os uruguaios serem os campeões olímpicos da época

O primeiro jogo da Seleção Brasileira no estádio ocorreu em 15 de Janeiro de 1939, pela Copa Rocca. O Brasil perdeu de 5x1 para os rivais argentinos. O primeiro gol brasileiro foi feito por Leônidas da Silva, o Diamante Negro, que tinha jogado no Vasco cinco anos antes.

Também neste estádio foram jogados as finais da Libertadores de 1998 e da Copa do Brasil de 2005. Sendo palco inclusive da Copa do Mundo de 1950

O Vasco da Gama manda seus jogos no Estádio São Januário. O clube utiliza o Maracanã raramente, geralmente só nos clássicos contra seus três rivais da cidade.

No dia 20 de Maio 2007, o atacante Romário marcou o seu milésimo gol, na partida entre Vasco da Gama e Sport Recife.

O maior artilheiro de São Januário é Roberto Dinamite, também maior artilheiro vascaíno, com 184 gols marcados no estádio. Logo em seguida vem Romário, com 152 gols, e Ademir Marques de Menezes, com 94 gols.

Distribuição dos lugares do Estádio de São Januário